Позади Арка находится маленькая, стоящая на бугре крепостца — тюремный замок бухарских эмиров (зиндон). Народная легенда утверждает, что еще во времена сказочного Афрасиаба зиндон был хазиной (казной) Афрасиаба. По местоположению зиндона можно предполагать, что на месте его было угловое укрепление древней стены шахристана. У входа в зиндон и внутри его лежали бесколесные пушки. Зиндон охраняли самые захудалые сарбозы — сешамбеги во главе со своим чорагоси. Начальником зиндона был мири газаб, который сидел в проходе (дарвозахона) и занимал комнату слева от входа. У него было четыре-пять помощников — шогирдпиша. Дворик за дарвозахоной был сверху затянут полосатой материей, образуя «чодыр» (палатка), где постоянно находились сарбозы. В углу дворика стояла еще небольшая круглая палатка (там'ук) для чорагоси.

Две большие камеры зиндона имели карцер для лиц, неугодных миршабу или миргазабу. Камера против входа служила для заключения недоимщиков. Камера справа от входа служила для свидания имущих недоимщиков со своими семьями, и такие интимные свидания составляли особый доход миргазаба. «Недоимщики» из среды баев, совершив растрату казенных денег, отсиживали свой срок со всеми удобствами. Недоимщик-бай сидел весь день не в камере, а в палатке сарбозов на груде ковров и одеял, угощая чаем своих охранников.

Алимхан (1910—1920) пошел еще дальше в своих деловых связях с русскими акционерными обществами, частными торговыми фирмами и царскими чиновниками. Но стремился при этом сохранить положение главы светской и духовной власти, соединить низкопоклонство перед полицейской фуражкой с ханжеством «истого» мусульманина. Во времена Алимхана в Бухаре появились частный телефон, цирк и кино, два пассажа европейского типа, банки и конторы иностранных фирм. В то же время усилилась духовная реакция: были полностью закрыты библиотеки, два раза в год устраивались массовые хождения на моление в с. Баховаддин, и еженедельные выезды на Махоса в пятничную мечеть Бухары. Раисы сгоняли народ в мечети, и дух религиозного ханжества возрос до огромных размеров. Отсюда и слухи о том, что Алимхан был более ревностным приверженцем веры и опорой ислама, чем Ахадхан. Раздутая и уродливая форма такого благочестия не могла скрыть обмана. Штат придворной камарильи вырос необычайно. До 6000 чиновников следовало за Алимханом. Часами, месяцами, годами высиживали они в дагонахона, меж стойками навесов, ожидая вызова эмира, предавались интригам, выклянчивали милости повелителя.

Не лишне рассказать здесь о главных обитателях Арка, последних бухарских эмирах.

Эмир Музаффархан (1860—1885) не был коммерсантом, торговцем или предпринимателем того типа, каким являлись последующие эмиры. Музаффархан был типичным представителем феодального деспотизма на Востоке. В народной памяти — он человек жестокий, вероломный, отличавшийся порывами ярости. Говорят, что его ярость обращалась часто на людей ни в чем не повинных. До четырех часов он бывал в Арке, затем, переодевшись, отправлялся под видом дехканина в близлежащую мечеть, подслушивал и чинил суд и расправу. Помимо Арка он время от времени жил в загородных дворцах. Выезжал под охраной нукеров (тогда еще сарбозов не было). Вмешивался в обязанности раиса и чинил наказания прямо на базаре. Казни совершались на его глазах и по его дикой прихоти. Муллам, которые пытались умерить его ярость, он отвечал, что считает себя ответственным только перед богом, что тех, кого следует судить, ему глаза говорят, а не рассудок, не голова. Ни одна из общественных групп не пользовалась его поддержкой. Не удивительно, что, не имея политической базы, он крайне расшатал все экономические устои феодальной Бухары. Его поражение под Зеробулаком привело, неизбежно, к протекторату более мощной русской державы.

Вход в цитадель эмира (Арк) со стороны площади Регистан шел по круто поднимающемуся вверх через башенные ворота и крытый проезд пандус (тахтапуль). Рядом с входом в ворота висела, как мы уже упоминали, огромная плеть — камчин — символ власти эмира. У входа на суфе лежали пушки. В верхнем ярусе ворот были установлены вывезенные из Коканда трофейные часы-куранты, звонившие каждый час на колоколах. В галерее над входом пять раз в день появлялись азончи, возглашавшие призыв к молитве. Здесь же помещалась нагорахона, где на рассвете били в барабан (нагора). Во время Рамазана или Курбана, отъезда и приезда эмира, а также во время выдачи войскам денег играл оркестр.

Внизу, под всем пандусом (тахтапулем), находились помещения страшной «канахоны». Это были камеры для заключенных. Персидский клоп (кана), которым славились эти камеры, впивался в тело и приносил своим жертвам жестокие мучения. Под террасой (суфой), расположенной справа от входа, умерщвляли женщин, обвиненных в неверности мужьям или в проституции. Мужчин-прелюбодеев (джеляббоз'ов) били на тахтапуле.